Os estuários e zonas lagunares em estudo são locais que albergam uma grande abundância e diversidade de espécies (peixes, aves e invertebrados), entre as quais se encontram muitas espécies de interesse comercial, bem como espécies com estatuto de conservação desfavorável, proporcionando-lhes habitat, alimento e proteção, fatores essenciais para a sua sobrevivência.

Área de estudo

Ria Formosa.

A Ria Formosa é um sistema lagunar conhecido como ria. É uma zona dominada por sapal e situa-se no Algarve, que se estende pelos concelhos de Loulé, Faro, Olhão, Tavira e Vila Real de Santo António, abrangendo uma área de cerca de 18.400 hectares ao longo de 60 km desde a praia do Ancão até à praia da Manta Rota. É uma área protegida pelo estatuto de Parque Natural, atribuído pelo Decreto-lei 373/87 de 9 de dezembro de 1987. Anteriormente, a Ria Formosa tinha estatuto de Reserva Natural, instituído em 1978. É ainda um local classificado pela convenção Ramsar. É uma zona húmida onde podemos encontrar ambientes como ilhas-barreira, sapais, bancos de areia e de vasa, dunas, salinas, lagoas de água doce e salobra, cursos de água, áreas agrícolas e matas, ambiente que, desde logo, indicia uma grande diversidade de flora e de fauna.

Ria do Alvôr.

Este estuário está situado no Algarve (sul de Portugal),A Ria de Alvor está reconhecida como Sítio de Importância Comunitária (PTCON0058). Este complexo sistema estuarino é forma pela desaguar das ribeiras de Odeáxere e Arão, ribeiras do Farelo e Torre, todas as Ribeiras com origem nas Serras de Monchique e Espinhaço de Cão. A zona lagunar encontra-se separada e protegida do mar por duas línguas de areia. Tem cerca de 8 km de comprimento e menos de 1 km de largura média, estendendo-se no sentido norte-sul.

Rio Tejo.

O Rio tejo é uns dos maiores rios da península Ibérica. Nasce em Espanha, tem uma extensão total de cerca de 1 007 km, dos quais 275 km estão em Portugal. A Reserva Natural do Estuário do Tejo (RNET) é composta por cerca de dois terços de águas estuarinas e abrange território pertencente aos concelhos de Alcochete, Benavente e Vila Franca de Xira. A zona do estuário médio/central, permanentemente submerso, é zona importante para a manutenção dos stocks de pescado costeiros, nomeadamente por representar uma zona de recrutamento, reprodução e alimentação de alguns peixes. O estuário do rio Tejo é a maior zona húmida do país e uma das mais importantes da Europa, um santuário para peixes, moluscos, crustáceos e, sobretudo, para aves, que nele se detém quando de sua migração entre o Norte da Europa e a África. É o maior estuário da Europa Ocidental, com cerca de 34 mil hectares, e alberga regularmente 50 mil aves aquáticas invernantes (flamingos, aves limícolas etc).

Ria de Aveiro

A Zona de Protecção Especial (ZPE) da Ria de Aveiro é a zona húmida portuguesa mais importante a Norte do rio Tejo. Este sistema está inserida na Rede Natura 2000. A Ria de Aveiro é uma lagoa costeira de baixa profundidade e extensas zonas entre marés que se estendem por 45 km ao longo da costa Ocidental de Portugal (desde Ovar até Mira). A área total da Ria que está coberta durante a preia-mar varia entre 83 km2 em maré viva e 66 km2 maré morta. A profundidade média é de cerca de um metro e a profundidade máxima, é mantida artificialmente nos canais de navegação entre os 4 e os 7 metros (a ligação artificial ao mar foi estabelecida em 1808, através da abertura de uma barra no cordão litoral). A lagoa pode ser dividida em três zonas principais. A zona Sul inclui os Canais de Ílhavo e Mira; a segunda zona compreende-se entre o canal de São Jacinto e Ovar sendo este canal pouco profundo dando origem a uma rede complexa de pequenos canais e bacias. A terceira zona, com uma geografia muito complexa, termina em frente à foz do rio Antuã e é designada por Ria Murtosa. O gradiente salino existente nesta zona estuarina permite a presença de uma enorme diversidade de habitats naturais de onde se destacam os sapais, os juncais, os caniçais e as importantes galerias ripícolas.

Rio Sado.

A Reserva Natural do Estuário do Sado (RNES), que ocupa uma área total de 23.160 hectares, abrange essencialmente o estuário do Sado, e estende-se por território pertencente aos concelhos de Alcácer do Sal, Grândola, Palmela e Setúbal. A zona estuarina deste Rio apresenta um troço de rio de grandes dimensões, sapais, bancos de vasa e areia, salinas (já desativadas), praias e dunas costeiras. Existem muitas indústrias principalmente na margem norte do estuário. As atividades associadas ao porto e a cidade de Setúbal, juntamente com as minas de cobre na bacia hidrográfica do Sado, utilizam o estuário para a eliminação de resíduos. Em outras áreas ao redor do estuário, a agricultura intensiva, principalmente os campos de arroz, e também os tomates, são o principal uso da terra, juntamente com salinas tradicionais e pisciculturas cada vez mais intensivas.